用户手册 · 2026-10-25

蝴蝶翅盘图谱平台使用手册

浏览 Bicyclus anynana 的标准翅盘与基因表达、叠加解剖图层，并对自己的 DAPI 图像进行翅型和阶段辅助预测。

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1．三个相互衔接的工作区

当前发布包含 12 个基因、284 个图像单元、71 个基因×翅型×阶段组合、213 套处理结果及六组标准 DAPI／最终 vein 图层。阶段 0.5、0.75、1.0 是形态分期标签；六个参考分别对应前／后翅与三个阶段，科学计算画布为 2048×2048 像素。hth 已从本次发布数据中排除。

2．上传图像与运行预测

1. 准备一个完整翅盘的 DAPI 通道，支持 PNG、JPG、TIFF；彩色图会转换为灰度。图像与可选掩膜合计上限为 64 MB。
2. 系统尝试自动提取掩膜。若邻近组织、碎屑干扰轮廓，可提交与图像同尺寸的二值掩膜（白色翅盘、黑色背景）。
3. 点击“运行预测”，检查翅型和所选翅型的三个阶段概率，并查看自动配准图像与掩膜。
4. 方向、镜像、缩放和位置的自动标准化需要人工检查；配准分数低于 0.62 时建议进入人工校准。
5. 高置信候选自动进入匹配图谱；需要复核时，从六种翅型／阶段组合中选择浏览对象。

阶段证据来自主要模型、序数模型、模板匹配和近邻参考。六种联合概率等于翅型概率乘以对应翅型的阶段条件概率。

3．人工校准与判定条件

打开“人工校准”，使远端突出部朝左、翅基朝右、上缘朝上、下缘朝下。按固定方向参考调整旋转、缩放、横纵位置和水平镜像，确认翅型后点击“应用并重新预测”。原自动结果会保留；人工调整记录显示在自己的历史中。

自动候选需要同时满足：翅型最高概率≥0.62、翅型概率间隔≥0.06、阶段最高概率≥0.48、前两阶段间隔≥0.04、阶段模型本身允许自动判定、无序数冲突，以及配准分数≥0.62。人工校准后还会检查所选翅型是否与模型冲突。配准分数由 0.62×参考重叠＋0.23×模板相似＋0.15×掩膜合理性组成，是启发式评分。

4．预测关联的结果页

结果页展示输入图像、掩膜／配准、所选标准 DAPI 与交互式基因／vein 图层。可展开图谱，或返回校准。选择另一阶段只改变浏览对象，不会成为新的训练标签或更改原预测。历史由当前浏览器的访客 Cookie 隔离；Cookie 有效期为 30 天，记录保留还取决于后台运行状态。英文站和中文站的历史相互独立。

5．浏览表达、比较处理与来源

选择基因、前／后翅与阶段。默认“软门控处理（默认）”对应 early_soft_q20。在“高级设置／处理方法比较”中可以切换 baseline 和 bilateral_soft_q20，并打开三种方法的并排比较。基线仍保留历史增益和背景处理；软门控会削弱低信噪信号，也可能削弱真实弱表达；双边滤波在软门控前增加平滑。

可切换单图、跨阶段、前后翅与来源图像（每页最多 12 张）。热图采用固定 0–1 相对强度标尺；粒子按基线 P50／P85 分档，只是强度采样的显示。拖动平移、滚轮缩放、双击复位；多面板同步平移和缩放。

“强／弱信号保留”“参考外信号”和“标准覆盖”用于处理和覆盖诊断，不是预测准确率、精确率或召回率。单样本组合是代表图，不是群体平均。

6．解剖与多基因叠加

标准 DAPI 与最终 vein 图层固定在各自参考坐标中。勾选“显示所选基因图层”，选择最多四个基因。每个基因有自己的颜色和透明度，可调整亮度、混合方式以及 vein／基因前后顺序；坐标帧不匹配时系统拒绝叠加。

手动改变控件后进入自定义状态。“比较显示样式”可并排检查三种预设。使用“复制视图链接”记录当前图层设置和浏览对象；同一翅型／阶段共享参考像素，并不代表来自同一只翅或同一细胞。

7．解释边界与 HH 复核

表达是相对荧光，采集批次、曝光与增益尚未进行跨样本／跨基因定量校准。颜色重叠反映独立样本在参考空间中的显示，不能单独证明同细胞共表达。48 个较新组合仍需配准方法复核，24 个历史组合的图像质量已筛选而配准仍属实验性。参考 vein 是人工确认的代表性层。

HH 在 0.5 和 0.75 阶段正根据师兄反馈复核。新增四张染色照片仅作为表达形态的视觉指导，不用于配准、信号提取、增加样本数或改变现有 heatmap。实际替换需要对原有数据完成区域和解剖确认。

8．预览与原始数据下载

公开图谱预览最长边为 960 像素，可自由查看与保存。原始图像、16 位强度图和数组从 原始下载入口 访问，用户名为 atlas_download，密码由维护者单独提供。目录以外的文件即使持有密码也不能下载。预测预览采用独立的降采样路径。

数组包括 expression_float.npy、between_sample_sd.npy、coverage_count.npy、missing_support.npy、outside_reference_conflict.npy 和 points.npz。软件 MIT 许可与科学数据使用权限分开管理。

9．常见问题

10．维护、署名与反馈

平台与计算工作流：黄梦璇（Huang Mengxuan）。导师：Antonia Monteiro；研究环境：Monteiro Lab，新加坡国立大学生命科学系。实验室同事提供生物学反馈、README 重构建议与英文手册初稿。软件及项目文档使用 MIT 许可，科学图像、模型和数组另按数据许可管理。

Cloudflare Pages 独立承载两个语言站；魔搭 Docker 运行预测和受保护下载；GitHub Actions 自动发布。Docker 本地完整入口为 http://127.0.0.1:7860/en/ 与 /zh/。所有活动网页统一编辑 public/<language>/<language>/，本地网关不再读取历史网页副本。

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